... randul unui mare numar de perechi de descendenti afectati, este probabil ca polimorfismul sa fie lincat de o gena care-i confera susceptibilitate pentru aparitia afectiunii. Depistarea polimorfismelor corelate cu boala presupune tiparea a 200-300 de familii din perechile de descendenti afectati cu 300-400 de polimorfisme amplasate uniform in cadrul genomului uman. Procesul este denumit scanare genomica.Localizarile cromozomiale ale unora dintre genele afectiunilor complexeAfectiuneaLocalizarea cromozomialaMaladia Alzheimer12q, 19q13Astmul5q, 6p21, 12qDiabetul de tip 15q, 6p21 11pDiabetul de tip 21q, 2q37Maladia inflamatorie a intestinului6p21, 12, 16qAceasta tehnica a fost utilizata pentru a localiza genele de susceptibilitate pentru multe dintre afectiunile complexe tabel. Totusi, lincajele semnalate de un anumit grup de cercetatori nu au fost intotdeauna observate si de alte grupuri, cel mai posibil din cauza faptului ca studiul original fie nu a avut putere statistica respectiv, a efectuat tiparea unui numar insuficient de perechi de descendenti, fie a ajuns la un rezultat fals pozitiv. De asemenea, pot sa existe seturi distincte de gene de susceptibilitate, care sa opereze in populatii diferite. Pana ce nu se va observa ca lincajul este reprodus in cadrul a cel putin unui studiu independent de mari proportii, este oportuna manifestarea unei atitudini sceptice. INCLUDEPICTURE http.bmj.ro2001nr06matc1500-f2r.jpg t MERGEFORMATINET Fig 2 Analiza TaqMan de genotipare a polimorfismelor mononucleotidice se prepara doua probe de ADN scurt, fiecare fiind complementara uneia dintre cele doua alele ale polimorfismului si marcata cu un colorant fluorescent diferit. O proba se leaga specific, in timpul reactiei, de alela tinta, se elibereaza colorantul si se masoara fluorescenta emisa. Raportul dintre fluorescentele emise de cei doi coloranti din fiecare esantion ofera indicatii despre prezenta alelei 1 alb, a alelei 2 gri inchis sau a ambelor aleleOdata lincajul confirmat, poate incepe cautarea genei critice din interiorul regiunii lincate. In cazul afectiunilor comune, de regula, zona de lincaj este mai extinsa astfel, este posibil sa cautam o gena intr-o portiune formata din 20-30 de milioane de perechi de baze care contin circa 500 - 1000 de gene. Cum putem noi sa identificam gena relevanta din acest adevarat car cu fan al genelorInvestigarea asocieriiPasul urmator porneste de la premisa ca susceptibilitatea este rezultatul unei mutatii o variatie a secventei de ADN, produse intr-o gena, prin care se altereaza fie expresia, fie structura proteinei codificate. Exista probabilitatea ca mutatia sa nu fie rara la nivelul populatiei generale, spre deosebire de mutatiile genelor raspunzatoare de afectiunile mendeliene ale unei singure gene, care au o frecventa scazuta. De asemenea, se spera, desi inca nu s-a demonstrat, ca o singura mutatie specifica va raspunde de susceptibilitate la majoritatea pacientilor dintr-o anumita populatie. Este de asteptat ca mutatia sa fie un polimorfism mononucleotidic SNP, care este o variatie frecventa a secventei de ADN ce altereaza o singura baza dintr-o anumita secventa a ADN. Asadar, al doilea pas al vanatorii de gene este explorarea regiunii lincate pentru a gasi polimorfismul mononucleotidic care sa ateste asocierea cu fenotipul afectiunii. Testarea asocierii se poate face printr-un studiu conventional cu control de cazuri, cautand diferenta dintre frecventa unei alele a polimorfismului mononucleotidic in randul pacientilor ce sufera de afectiunea respectiva si cazurile de control alese adecvat fig 1. Cu toate acestea, o capcana care poate sa duca, frecvent, la asociatii fals pozitive este reprezentata de gradul scazut de concordanta intre cazuri si grupurile de control, in ceea ce priveste originile etnice sau cele geografice frecventa de aparitie a polimorfismelor mononucleotidice poate sa prezinte variatii mari in randul diferitelor p ... Download